証券会社の窓口はネット専門の証券会社と従来の対面窓口メインの証券会社とに、２種類に分けられると思います。
どちらが良いか一概には言えませんが、ご希望の取引スタイルに合わせて口座開設されると良いと思います。
ネット専門の証券会社と窓口メインの証券会社の特徴を紹介します。

ネット専門の証券会社の利点
何といっても手数料安い事と自分の好きな時間に取引が可能な点です。
（取引所開いてない時間は注文だけですが）
マイナス点
担当者などはいないので質問などはサービスセンターに電話やメールで聞く事になるが、窓口メインの証券会社よりは連絡つながりにくい。
IPOなどの抽選で手に入れる株式が、証券会社自体に、まとまった数がまわって来にくい。
口座開設は２週間ぐらいかかる。

窓口メインの証券会社の利点
書類を持っていけば口座開設が即日である事、担当者がつくので色々相談でき、証券会社お勧めの情報を教えてもらえる場合がある事、値上がりしやすい公募での株が証券会社に多くまわって来やすいので手に入れる確立がネット証券会社より手に入る可能性が高い。
マイナス点
手数料高めで、真夜中などに注文したくてもできない。

まとめ
実際窓口メインの証券会社もネット注文可能なところが多くなっています。
ですからネットと窓口の良いとこ取りにはなります。ただし手数料だけは高めになるので、何が何でも手数料安い方が良いとかデイトレードやろうと思っている方はネット専門の証券会社が良いでしょう。
サポートや手数料などどこに着目するのか口座開設する前に考えておいた方が良いでしょう。

また、証券会社によって取り扱う商品や取り扱う株式市場が様々なので、申し込む前にはそこの所を注意して口座開設しましょう。
あまり多く作りすぎるのも意味はないですが、ネット証券の多くは口座開設料・口座管理料がない場合がほとんどなので、とりあえず口座作ってみてツールの使いやすさや、証券会社の通信環境や安定性や注文の早さなど、自分の満足するを見つけるのも良いと思います。2つか3つの証券会社に口座開設して「ツールはＡ証券会社」で、「取引はＢ証券会社」と言う感じで分けている方もいます。

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未成年者での口座開設は一部の証券会社でしかできませんが、お勧め証券会社に未成年者でも口座開設出来る所を紹介しています。

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・一般口座？特定口座？
口座の種類の注意

証券会社で開設する口座には、一般口座・特定口座（源泉あり・源泉無し）と言う三つの種類があります。

・一般口座
証券会社の口座で特定口座を申し込まない場合に自動的に選択される口座です。
確定申告が必要で、そのための必要書類の作成など一切を自分でする事になります。
みなし取得価格を使った節税方法のための有用な口座です。

・特定口座（源泉あり）
納税関係が証券会社の口座内で完了する為に、利益が出ても確定申告する必要がありません。
しかも配偶者控除などや国民健康保険の算定に有利です。

・特定口座（源泉無し）
確定申告が必要ですが、確定申告に必要な書類は証券会社から送られてくる為、一般口座と比べて手間いらずです。
源泉ありでは、利益の一部を源泉徴収され、資金効率が悪くなりなるので、税金は年に一度払うようにして、儲けたお金は全て次の株に注ぎ込みたい方にはお勧めです。

参考：株式の確定申告の説明ページ

特定口座（源泉あり・無しどちらでも）利用の場合は、複数口座間の損益通算（損失の出ている口座と利益の出ている口座とで損失と利益を相殺する）や譲渡損失の3年間繰越控除（前年以前の損失を今年の利益と相殺する）が特定口座年間取引報告書を利用して簡易に申告できます。
利益が出た場合に、特定口座の源泉無しと一般口座の場合は申告必要なため、扶養からはずれたり、国民健康保険税の額が変わってくる事があります。（損益通算するために源泉徴収ありで申告した場合で損失より利益が過大な場合も含む）
利益が出ても、特定口座の源泉ありで、申告しない場合は証券会社内で課税関係が完結しているため扶養や健康保険に影響してきません。

口座の違い一覧